Rodrigo expandió el cuarteto -género musical típico de de la provincia de Córdoba- a nivel nacional. Poco después de su muerte en el Kilómetro 27 de la Autopista Buenos Aires-La Plata, sus aficionados construyeron un santuario que incluyó una estatua del cantante. Un año después, una multitud de 15 000 personas se reunió en el memorial para recordarlo.El monumento sufrió varios ataques a través de los años por razones desconocidas.Un año después de su muerte, Sony Records publicó el álbum Todos juntos con Rodrigo, que incluyó las canciones originales de Sabroso con colaboraciones de cantantes argentinos e internacionales como Celia Cruz y Luciano Pereyra. En poco tiempo, el álbum se convirtió en disco de oro y logró vender 30 000 copias.El mismo año, de manera póstuma, recibió dos premios Carlos Gardel como mejor artista tropical masculino por el álbum A 2000 y canción del año por su original «Soy cordobés».
En 1999, introdujo al cantante de cuarteto Walter Olmos a la escena pública con actuaciones en varios de sus conciertos en la provincia de Buenos Aires. Después de la muerte de Bueno, Olmos fue popularmente considerado como su heredero musical, pero solo disfrutó de breve éxito antes de su muerte, que tuvo lugar mientras jugaba a la ruleta rusa en 2002.
El 12 de abril de 2001, se estrenó un largometraje basado en su vida llamado Rodrigo, la película en 136 cines argentinos. La película muestra una historia de una chica adolescente que idolatraba al cantante en donde aparecen canciones de fondo y conciertos realizados por «El Potro».La película no tuvo el éxito esperado y fue considerada por algunos como un intento para obtener beneficios a costa de la memoria del cantante. La revista de entretenimiento Sin Cortes lo calificó como un «filme fallido» que «se aprovechó del fenómeno de Rodrigo».Bueno, un reconocido hincha del Club Atlético Belgrano, sigue siendo considerado como una figura importante dentro de la afición del club, la cual, en forma de homenaje, estampó el rostro de Rodrigo en su camiseta durante la temporada 2002-03 de la Primera División de Argentina, además el arquero titular de Belgrano es su primo Juan Carlos Olave, que tiene en su uniforme una imagen de él. En 2012, la administración del club decidió recaudar fondos para construir una estatua de bronce del cantante en las afueras del estadio Gigante de Alberdi.
En el año 2005, con motivo de la emisión del último programa del ciclo La noche del 10, conducido por Diego Armando Maradona y emitido en esta ocasión desde el Luna Park, los cantantes Andrés Ciro Martínez y Juanse, junto a los grupos Los Piojos y Bersuit Vergarabat, entonaron las estrofas del tema «La mano de Dios», compuesta por el cuñado de Rodrigo, como homenaje al mítico jugador de fútbol. Estos músicos, que en su momento también dedicaron canciones a Maradona, decidieron unirse para ejecutar este tema, como homenaje a El Diez, justamente en el mismo escenario que consolidó definitivamente la carrera de Rodrigo. El escenario se complementó con un grupo de pantallas gigantes que emitieron imágenes de los recitales del cantante cordobés. Al finalizar el recital, y tras los agradecimientos de parte de Maradona, Gustavo Cordera concluyó diciendo: «A Rodrigo, que está en el cielo y que hizo la canción más hermosa y que jamás se hubiera escuchado».Ese mismo año recibió post-mortem por parte de la Fundación Konex un diploma al mérito por su trayectoria como cantante de cuarteto.
En 2010, en el décimo aniversario de su muerte, la Cámara de Diputados de Buenos Aires lo declaró como personalidad destacada de la cultura popular en la provincia.Un concierto homenaje se realizó el 16 de enero 2013 durante la inauguración de la primera edición del Carnaval Cuartetero, basado en el Carnaval de Bahía. Durante las celebraciones del Día del Canillita, el Gobernador de Córdoba, José Manuel de la Sota, anunció planes para construir una estatua en honor a Bueno,que fue finalmente colocada en el «Paseo del Buen Pastor» unas horas antes del comienzo del Carnaval cuartetero.
El primer recordatorio en la televisión argentina fue en 2012 en el programa Gracias por venir, gracias por estar, conducido por Gerardo Rozín y Julieta Prandi, el 19 de mayo a cinco días de lo que hubiese sido el trigésimo noveno cumpleaños de Rodrigo. El programa contó con la colaboración de invitados, algunos de ellos amigos del recordado, como Marixa Balli, La Tota Santillán, Juan Alberto Mateyko, Fierita Catalano, Jimena Cyrulnik, Javier García y Beatriz Olave (madre de «El Potro»).
Una escuela de samba virtual de Brasil, de hinchas del Belgrano, preparó un homenaje al Potro Rodrigo en 2013, año en que Rodrigo cumpliría cuarenta años de edad.Una villa miseria cercana a la Reserva ecológica de Buenos Aires fue nombrada como «Villa Rodrigo Bueno» tras su muerte.
En noviembre de 2017 se confirmó el estreno de El Potro, una película biográfica del cantante. Dicha película se estrenó el 4 de octubre de 2018 y está protagonizada por Rodrigo Romero, Florencia Peña, Jimena Barón, Fernán Mirás, Daniel Aráoz, Malena Sánchez y Diego Cremonesi; fue dirigida por Lorena Muñoz, la misma directora que dirigió Gilda, no me arrepiento de este amor. Se rodó en Córdoba y Buenos aires.