Antecedentes
El 23 de junio de 2000, fue a la grabación del programa de televisión La Biblia y el calefón presentado por Jorge Guinzburg, en Canal 13. Cuando terminó el espectáculo, a las 22:30, el cantante se fue a cenar junto a su representante, sus músicos, su pequeño hijo Ramiro y la madre de este en El Corralón. En el local se encontró con Fernando Olmedo, hijo del fallecido comediante Alberto Olmedo, al cual invitó a su recital en la discoteca «Escándalo» en La Plata. El recital en Escándalo fue grabado por el programa de televisión El Rayo, presentado por Nacho Goano, quien había participado también en la grabación del programa La Biblia y el calefón. Rodrigo ofreció una actuación de dos horas y media ante dos mil personas. Cuando terminó el concierto, Olmedo le pidió que se quedara en el club para descansar, pero Rodrigo se negó y decidió conducir.
El accidente
En la madrugada del sábado 24 de junio de 2000, luego de su actuación en La Plata, Rodrigo se dirigía hacia Buenos Aires por la Autopista Buenos Aires – La Plata en su Ford Explorer SUV Roja con su ex-esposa Patricia Pacheco, su hijo Ramiro, Fernando Olmedo, el músico Jorge Moreno y el locutor de radio Alberto Pereyra. Cerca de las 3:30 a.m., cuando atravesaba la ciudad de Berazategui, se produjo un accidente en el cual Rodrigo rozó la camioneta del empresario Alfredo Pesquera (fallecido en 2013), perdió el control de su rodado, se estrelló contra la barrera de contención, volcó y fue expulsado del vehículo, lo que le ocasionó la muerte.Como producto de este hecho, además del cantante, Fernando Olmedo también perdió la vida. Los demás acompañantes sobrevivieron. Pesquera, a causa de este incidente, fue a juicio, si bien fue finamente declarado inocente. El cantante murió en la misma fecha en la que se cumplía un nuevo aniversario de la muerte del cantante de tango Carlos Gardel. Junto con otros cantantes fallecidos a la misma edad, se dice que, a raíz de la edad a la hora de su muerte, Rodrigo entró a formar parte del club de los 27.
A raíz del accidente, el lugar de su muerte se convirtió en un santuario. En la bajada de la autopista en Berazategui, hay un acceso que lleva a su monumento, hoy en día bastante descuidado. También se editaron varios álbumes, algunos simples recopilatorios y otros con material inédito del cantante cordobés. A su velatorio concurrieron miles de personas y también famosos, entre ellos Diego Maradona, Ramón Ariel Granero, Susana Giménez, Daniel Santillán, Walter Olmos, la Mona Jiménez y Marcelo Tinelli. Su cuerpo fue enterrado en el cementerio Las Praderas en la localidad de Monte Grande.
Investigación del accidente y reacciones posteriores
Antes del accidente, Rodrigo iba a presentarse en el programa Siempre sábado. A raíz de su muerte, la banda tocó en el programa a modo de tributo sin ningún acompañamiento vocal. Seguidamente, emergieron teorías conspirativas afirmando que la muerte de Bueno estaba vinculada a una «bailanta mafia» y que recibió amenazas de muerte en los días previos al accidente. La madre de Bueno no asistió a su funeral, pero apareció en el programa y aseguraba que pronto se aclararían las cuestiones del accidente frente al asesinato.
El informe forense estableció que Rodrigo murió de una hemorragia cerebral ocasionada por un traumatismo craneoencefálico. Luis Armelo, el fiscal correccional de Quilmes, llamó al caso como un homicidio negligente por lesiones. La Comisaría de Berazategui identificó al conductor del Chevrolet Blazer como Alfredo Pesquera, un hombre de negocios de la ciudad de Buenos Aires. Al año siguiente, Pesquera fue llevado a juicio, en el que el fiscal alegó que su maniobra ocasionó la muerte de Bueno y solicitó una pena de trece años. En diciembre de 2001, Ariel González, Eli Abe y Margarita Allaza de Iturburu, los miembros del segundo Tribunal Penal de Quilmes, llegaron a la conclusión de que la muerte de Bueno fue causada por su propia imprudencia al conducir, por lo que Pesquera fue declarado inocente y puesto en libertad. Tras la muerte de Bueno, cuatro seguidores adolescentes se suicidaron.
Después de su muerte, las ventas de sus discos aumentaron en gran medida. En vida, Bueno vendió 500 000 copias, mientras que después de su muerte las ventas se quintuplicaron: su último álbum vendió más de un millón de copias y logró recaudar un total de quince millones de pesos, tres veces las ganancias que hizo durante su carrera. Además, sus conciertos fueron retransmitidos por las cadenas Azul Televisión, América 2 y Crónica TV, los cuales obtuvieron una notable audiencia. A un día de su fallecimiento, la «Unión de Productores de la Movida Tropical» le otorgó seis premios Clave de Sol, en las categorías de ritmo más bailable, mejor percusionista, mejor showman, mejor cantautor y revelación del año, junto con el Clave de Sol de Oro.
Una serie de álbumes tributo fueron publicados en los meses siguientes a su fallecimiento. La banda que lo acompañaba en sus conciertos se dividió en La Banda del Potro, representada por Leader Music, y Auténtica Banda de Rodrigo, representada por Magenta. Ambas bandas publicaron once álbumes que recaudaron un total de un millón de pesos. En el año 2000 -momento en el que la popularidad de Bueno estaba en alza en Buenos Aires-, una encuesta de la consultora Delfos indicaba que el 72% prefería a «La Mona» Jiménez y un 15% a «El Potro». La misma muestra se realizó en 2001, un año después de su muerte, y los números fueron 46% y 40% respectivamente.
El día en que se cumplieron cinco años de su fallecimiento, se inhumaron los restos del cuartetero cordobés. En la inhumación del músico estuvieron presentes su madre, Beatriz Olave, su representante, José Luis Gozalo, su amigo y conductor de programas, «La Tota» Santillán, y Giannina Maradona, hija del futbolista Diego, entre los más famosos, así como familiares, conocidos y seguidores del «Potro». Se realizó en el cementerio Las Praderas ubicado en el Partido de Lanús.
En 2011, surgió una nueva teoría después de que el diario Crónica hablara con la policía sobre la causa del accidente. La fuente policial mencionó la posibilidad de que la rutina intensiva de Rodrigo podría haber aumentado la producción de adrenalina en su cuerpo. Los investigadores explicaron que, si Rodrigo no diera a conocer el exceso de adrenalina por la orina después de su último concierto, podría haber perdido el sentido de la distancia en relación con el vehículo de Pesquera. Esto podría haber causado que Rodrigo apretara el freno y girara violentamente el volante.
El 23 de junio de 2000, fue a la grabación del programa de televisión La Biblia y el calefón presentado por Jorge Guinzburg, en Canal 13. Cuando terminó el espectáculo, a las 22:30, el cantante se fue a cenar junto a su representante, sus músicos, su pequeño hijo Ramiro y la madre de este en El Corralón. En el local se encontró con Fernando Olmedo, hijo del fallecido comediante Alberto Olmedo, al cual invitó a su recital en la discoteca «Escándalo» en La Plata. El recital en Escándalo fue grabado por el programa de televisión El Rayo, presentado por Nacho Goano, quien había participado también en la grabación del programa La Biblia y el calefón. Rodrigo ofreció una actuación de dos horas y media ante dos mil personas. Cuando terminó el concierto, Olmedo le pidió que se quedara en el club para descansar, pero Rodrigo se negó y decidió conducir.